Resumo Nos últimos anos, o desenvolvimento de tecnologias de alto rendimento para obtenção de dados sequenciais potencializou a possibilidade de análise de dados proteicos in silico. No entanto, quando se trata de estudos de interação de poliproteínas virais, existe uma lacuna na representação dessas proteínas, devido ao seu tamanho e comprimento. Para estudos utilizando técnicas de ponta como o Aprendizado de Máquina, uma boa representação dessas proteínas é imprescindível. Apresentamos uma alternativa para este problema, implementando um protocolo de fragmentação e modelagem para preparar essas poliproteínas na forma de fragmentos de peptídeos. Tal procedimento é feito por diversos scripts, implementados em conjunto no workflow que chamamos de PolyPRep, uma ferramenta escrita em script Python e disponível no GitHub. Este software está disponível gratuitamente apenas para usuários não comerciais.

Abstract In recent years, the development of high-throughput technologies for obtaining sequence data leveraged the possibility of analysis of protein data in silico. However, when it comes to viral polyprotein interaction studies, there is a gap in the representation of those proteins, given their size and length. The prepare for studies using state-of-the-art techniques such as Machine Learning, a good representation of such proteins is a must. We present an alternative to this problem, implementing a fragmentation and modeling protocol to prepare those polyproteins in the form of peptide fragments. Such procedure is made by several scripts, implemented together on the workflow we call PolyPRep, a tool written in Python script and available in GitHub. This software is freely available only for noncommercial users.

Resumo A verificação de mudanças morfológicas e fisiológicas sob diferentes condições luminosas em espécies frutíferas nativas em estágio juvenil é importante, uma vez que indicam o ambiente adequado para a formação de mudas com alto vigor. Objetivou-se verificar o crescimento e as alterações morfofisiológicas sob gradiente de sombreamento em mudas de feijoa (Acca sellowiana (O. Berg) Burret) para obter mudas de boa qualidade, adequadas para fomentar os plantios da espécie em pomares. As mudas foram cultivadas por vinte e um meses sob quatro tratamentos de sombreamento (0%, 30%, 50% e 80%). Foram avaliados parâmetros de crescimento, pigmentos fotossintéticos, trocas gasosas, fluorescência da clorofila e anatomia foliar. Mudas a pleno sol e 30% de sombra apresentaram maior crescimento em altura, diâmetro e acúmulo de massa seca, devido à maior taxa de fotossíntese. Como principais mecanismos de aclimatação sob 80% de sombra, as mudas desenvolveram maior área foliar, redução da espessura do limbo foliar e aumento do rendimento quântico do fotossistema II. Mesmo assim, a assimilação líquida de CO2 e a taxa de transporte de elétrons foram menores e, consequentemente, houve restrição ao crescimento e acúmulo de massa seca das mudas no maior nível de sombreamento. Portanto, para a obtenção de mudas de feijoa de maior qualidade, recomendamos que seja realizada a pleno sol ou até 30% de sombra, para maximizar o vigor das mudas em viveiros e, posteriormente, este ambiente de luz também pode ser utilizado em pomares para favorecer o crescimento e a produção de frutos.

Abstract Understanding morphological and physiological changes under different light conditions in native fruit species in juveniles’ stage is important, as it indicate the appropriate environment to achieve vigorous saplings. We aimed to verify growth and morphophysiological changes under shade gradient in feijoa (Acca sellowiana (O. Berg) Burret) to achieve good quality saplings adequate to improve cultivation in orchards. The saplings were grown for twenty-one-month under four shading treatments (0%, 30%, 50%, and 80%). Growth, photosynthetic pigments, gas exchanges, chlorophyll fluorescence, and leaf anatomy parameters were evaluated. Saplings under full sun and 30% shade had higher height and diameter growth and dry mass accumulation due to higher photosynthesis rate. As main acclimatization mechanisms in feijoa saplings under 80% shade were developed larger leaf area, reduced leaf blade thickness, and enhanced quantum yield of photosystem II. Even so, the net CO2 assimilation and the electron transport rate was lower and, consequently, there was a restriction on the growth and dry mass in saplings under deep shade. Therefore, to obtain higher quality feijoa saplings, we recommend that it be carried out in full sun or up to 30% shade, to maximize the sapling vigor in nurseries and, later, this light environment can also be used in orchards for favor growth and fruit production.

Resumo O setor florestal brasileiro se destaca pela tecnologia, práticas de manejo florestal, responsabilidade social e ambiental e, principalmente, alta produtividade, mas pragas exóticas podem reduzir isto. O parasitoide Psyllaephagus bliteus (Riek, 1962) (Hymenoptera: Encyrtidae), percevejos predadores e fungos entomopatogênicos como Beauveria bassiana e Metarhizium anisopliae são inimigos naturais usados no controle biológico do psilídeo-de-concha do eucalipto Glycaspis brimblecombei (Moore, 1964) (Hemiptera: Aphalaridae), praga em plantios de eucalipto. A utilização de fungos entomopatogênicos contra pragas exóticas vem aumentando no setor florestal e a prospecção e identificação de isolados fúngicos é importante para o manejo integrado de pragas. O objetivo deste estudo foi o isolamento e identificação molecular de Cordyceps spp. e avaliar a patogenicidade dos isolados de Cordyceps javanica (LCBPF 11) e Cordyceps fumosorosea (LCBPF 12 e LCBPF 63), obtidos de adultos de Bemisia tabaci Gennadius (Hemiptera: Aleyrodidae), ao psilídeo-de-concha G. brimblecombei. Os fungos foram isolados de adultos de B. tabaci encontrados em culturas de soja e tomate e identificados molecularmente. Os conídios foram suspensos em solução com Tween 80 (0,1%) na concentração de 1,0 x 108 conídios/mL e pulverizados sobre dez ninfas de G. brimblecombei por folha de Eucalyptus cortada e colocada sobre gel hidrorretentor no interior de placas de Petri por repetição. O número de insetos mortos foi quantificado, diariamente, por sete dias e transferidos para câmaras úmidas. Cordyceps javanica (LCBPF 11) e C. fumosorosea (LCBPF 12 e LCBPF 63) foram identificados por análise molecular e todos os isolados foram patogênicos para os insetos. Isto indica serem importantes para o manejo de G. brimblecombei e confirma relatos de que, normalmente, fungos causam maiores mortalidades em insetos da mesma ordem daquela da qual foram isolados.

Abstract The Brazilian forestry sector stands out for its technology, forestry management practices, social and environmental responsibility and, mainly, for its high productivity and exotic pests can reduce it. The red gum lerp psyllid Glycaspis brimblecombei (Moore, 1964) (Hemiptera: Aphalaridae) is an important pest in Eucalyptus plantations. The parasitoid Psyllaephagus bliteus (Riek, 1962) (Hymenoptera: Encyrtidae), predatory bugs and entomopathogenic fungi such as Beauveria bassiana and Metarhizium anisopliae are the natural enemies and used in the biological control of the red gum lerp psyllid. The use of entomopathogenic fungi against exotic pests is increasing in the forestry sector and the prospecting and identification of fungus isolates is important for integrated pest management. The objective of this work was the isolation and molecular identification of Cordyceps spp. And to evaluate the pathogenicity of isolates, obtained from Bemisia tabaci (Gennadius, 1889) (Hemiptera: Aleyrodidae) adults, against to the red gum lerp psyllid G. brimblecombei. The fungi were isolated from B. tabaci adults found in soybean and tomato crops and molecularly identified. The conidia obtained were suspended in solution with Tween 80 (0.1%) at a concentration of 1.0 × 108 conidia/mL and sprayed on ten G. brimblecombei nymphs per Eucalyptus leaf cut and placed on a hydroretentive gel inside per Petri dishes as a replication. The number of dead insects was quantified, daily, for seven days, and transferred to humid chambers. Cordyceps javanica (LCBPF 11) and C. fumosorosea (LCBPF 12 and LCBPF 63) were identified with a molecular analysis and all isolates were pathogenic to the insects and indicates that they could be used to manage G. brimblecombei and adds to reports that, normally, fungi cause greater mortality on insects of the same order as that from which they were isolated.

Abstract Some experimental results concerning the performance of fiber-reinforced soil composites made of soil and shredded fibers from waste tires are presented. The composite mixtures were prepared with fiber addition of 0, 15, 30, and 45 wt%. After molding, the specimens were oven-dried and tested for unconfined compressive strength and water immersion durability. The results showed an improvement in durability with the addition of fiber. The results also indicated good compressive strength performance for the composites with a fiber content of 15 and 30 wt%. The 30 wt% fiber addiction was the best choice because of the environmental sustainability appeal to solid waste reduction.

Abstract A new species of coccidia (Protozoa: Apicomplexa: Eimeriidae) is described from the saffron finch, Sicalis flaveola, is reported from Brazil. Sporulated oocysts of Isospora bertoi n. sp. are spherical to subspherical; 23.6 (21.1-26.5) x 22.0 (19.4-24.6) µm; shape Index (L/W ratio) 1.1 (1.0-1.2) µm; with bilayer smooth walls, ~1.1 μm. Micropyle and oocyst residuum are absent, but polar granules are present. Sporocysts are elongated ellipsoidal, 16.2 (13.6-17.9) x 10.1 (8.9-12.4) µm. Stieda body is button-shaped and Sub-Stieda and Para-Stieda body are absent. Sporocyst residuum is compact and composed of hundreds of granules scattered among the sporozoites. The sporozoite is claviform with an elongated posterior refractile body and nucleus.

Resumo Uma nova espécie de coccídio (Protozoa: Apicomplexa: Eimeriidae) do canário-da-terra, Sicalis flaveola, é relatada no Brasil. Oocistos esporulados de Isospora bertoi n. sp. são esféricos a subesféricos; 23,6 (21,1-26,5) x 22,0 (19,4-24,6) µm com índice morfométrico (L/W) de 1,1 (1,0-1,2); com parede lisa constituída por duas camadas com ~1,1 μm. Micrópila e resíduo de oocisto estão ausentes, mas grânulos polares estão presentes. Os esporocistos são elipsoidais alongados, 16,2 (13,6-17,9) x 10,1 (8,9-12,4) µm;. O corpo Stieda é em forma de botão, enquanto que os corpos de Sub-Stieda e Para-Stieda estão ausentes. O resíduo do esporocisto é compacto e constituido por centenas de grânulos espalhados entre os esporozoítos. O esporozoíto é claviforme com corpo e núcleo refráteis posteriores alongados.

Abstract Chicken (Gallus gallus domesticus) is one of the primary sources of animal protein for the Brazilian population. Thus, the safety of this food is highly relevant. This study was based on the evidence of severe contamination of these animals by metals such as lead in Santo Amaro, Bahia. This exploratory study aimed to evaluate associations between lead levels in blood of chicken exposed to a contaminated area with the occurrence of chromosomal alterations, evidencing genotoxic effects. Serum lead analysis was performed by GF-AAS after dilution with a matrix modifier solution (Triton X-100 0.2% v/v and HNO3 0.1% v/v), while chromosomal damage was evaluated using the comet assay. The results showed genotoxic effects (positive comet assay) only for the specimen sample with higher serum lead concentrations (33.9 µg dL-1), suggesting the occurrence of toxic effects at this level of exposure. This work evaluated a relationship between the reduction of serum lead levels in chicken and increased distance from the primary polluting source - a lead processing plant (COBRAC). It also showed that lead is bioavailable in this territory, contaminating chicken and causing genotoxic effects in these animals, further expanding the concern with the local biota and the health of the residents of Santo Amaro.

Resumo O frango (Gallus gallus domesticus) é uma das principais fontes de proteína animal para população brasileira, sendo que a segurança deste alimento é extremamente relevante. Assim, evidências de severa contaminação dessas aves, por metais como chumbo no município de Santo Amaro - BA, estimularam a realização deste estudo. O objetivo deste estudo exploratório foi avaliar associações entre os níveis de chumbo no sangue de frangos expostos a área contaminada com a ocorrência de alterações cromossômicas, evidenciando efeitos genotóxicos. As análises de chumbo sérico foram realizadas por GF-AAS após diluição em uma solução modificadora de matriz (Triton X-100 0,2% v/v e HNO3 0,1% v/v), enquanto os danos cromossômicos foram avaliados empregando o teste cometa. Os resultados obtidos evidenciaram efeitos genotóxicos (teste cometa positivo) apenas para amostra do espécime que apresentou concentrações séricas de chumbo mais elevadas (33.9 µg dL-1), sugerindo a ocorrência de efeitos tóxicos neste nível de exposição. Neste trabalho foi possível avaliar claramente uma relação entre a redução dos níveis séricos de chumbo no frango com o aumento da distância da principal fonte poluidora - uma fábrica de processamento de chumbo (COBRAC). O presente estudo evidenciou que neste território o chumbo está biodisponível, contaminando aves de criação e acarretando em efeitos genotóxicos nestes animais, ampliando ainda mais a preocupação com a biota local e com a saúde dos moradores de Santo Amaro.

Resumo Cepas patogênicas de Escherichia coli podem invadir o tecido subcutâneo das aves e provocar celulite aviária e este patógeno pode provocar lesões nos órgãos internos, como o fígado. Desta forma, objetivou-se correlacionar a presença de Escherichia coli e os genes de virulência característicos de Escherichia coli Patogênica para Aves (APEC) nas lesões de celulite e nos fígados dos frangos. Entre agosto de 2013 a janeiro de 2014, foram retiradas 100 carcaças da linha de produção por apresentarem lesões de celulite em um matadouro avícola da Bahia (Brasil). Foram coletadas amostras de celulite e fígados de frango assepticamente para quantificação de E. coli pelo método rápido de contagem Petrifilm™ (3M Company) (AOAC 998.8). Em seguida foi realizada a pesquisa dos genes de virulência iss e iutA nos isolados de E. coli utilizando a Reação em Cadeia da Polimerase (PCR). Escherichia coli foi isolada em 82,00% das aves retiradas da linha de produção e a bactéria foi detectada concomitantemente nas lesões de celulite e fígado em 40,00% das aves. As contagens de E. coli variaram de 1,00 a 4,73 log UFC/g nos fígados e de 2,00 a 9,00 log UFC/g nas lesões de celulite. Os genes de virulência iutA e iss foram encontrados em 97,56% e 89,02% dos isolados de E. coli, respectivamente. A análise genotípica revelou a amplificação concomitante dos genes iutA e iss em 60,00% (n=40) das amostras de lesões de celulite e fígado nas quais houve o isolamento simultâneo de E. coli. Foi observada correlação positiva e significativa (r=0,22; p<0,05) entre as variáveis ocorrência de E. coli isolada das amostras dos fígados e ocorrência E. coli isolada das lesões de celulite e, nos casos em que foi detectada a ocorrência de E. coli isolada em fígado e lesões de celulite, correlações positivas e significativas também foram evidenciadas entre as populações de E. coli dos isolados dos fígados e das lesões de celulite, (r=0,46; p<0,05). Assim ficou evidenciada a relação entre E. coli presente nas lesões de celulite e no fígado e uma possível infecção sistêmica, desta forma, sugere-se que a presença de lesões de celulite seja utilizada como critério para o descarte total da carcaça.

Abstract Pathogenic strains of Escherichia coli may invade the subcutaneous tissue of poultry and cause cellulitis, whilst the pathogen may also cause lesions in internal organs such as the liver. Current paper co-relates Escherichia coli and virulence genes characteristic of Avian Pathogenic Escherichia coli (APEC) in broilers´ cellulitis and liver lesions. One hundred carcasses were retrieved from the production chain in an avian abattoir in the state of Bahia, Brazil, between August 2013 and January 2014, due to detection of cellulitis lesions. Cellulitis and liver samples were retrieved aseptically to quantify E. coli by Petrifilm™ count fast method (3M Company) (AOAC 998.8). Virulent genes iss and iutA were removed from E. coli isolates by Polymerase Chain Reaction (PCR). Escherichia coli was isolated from 82.0% of broilers removed from the production chain and the bacterium was concomitantly detected in cellulitis and liver lesions in 40.0% of broilers. E. coli counts ranged between 1.00 and 4.73 log CFU/g in liver lesions and between 2.00 and 9.00 log UFC/g in cellulitis lesions. Virulent genes iutA and iss were detected in 97.56% and 89.02% of E. coli isolates, respectively. Genotype analysis demonstrated the concomitant amplification of genes iutA and iss in 60.0% (n=40) of samples of cellulitis and liver lesions in which the simultaneous isolation of E. coli occurred. There was a positive and significant co-relationship (r=0.22; p<0.05) between the variables occurrence of E. coli isolated from liver samples and the occurrence of E. coli isolated from cellulitis lesions. There were also positive and significant co-relationships between populations of E. coli from liver isolates and cellulitis lesions (r=0.46; p<0.05) when E. coli isolated in the liver and in cellulitis lesions was detected. Since results showed a relationship between E. coli in cellulitis and liver lesions and possible systemic infection, the occurrence of cellulitis lesions as a criterion for total discarding of carcass may be suggested.

Resumo Em sua superfície externa, muitas plantas podem acumular água da chuva formando fitotelmata, ou seja, micro-habitat aquáticos colonizados por diversos organismos, entre eles, os flagelados protistas. Fez-se um inventário de flagelados heterotróficos associados ao fitotelmata da bromélia Aechmea distichantha Lem., encontrada em paredões rochosos em um trecho da bacia do alto rio Paraná. As bromélias foram retiradas manualmente de paredão rochoso e, em laboratório, a água foi retirada dos tanques de cada planta, e foram montadas culturas dos organismos em placas de Petri. Os flagelados heterotróficos foram, então, observados in vivo sob microscópio óptico Olympus BX51, com sistema de contraste de interferência diferencial (DIC) acoplado. Dezesseis espécies flagelados heterotróficos foram registradas, desenhadas e descritas, sendo uma espécie pertencente ao Domínio Amorpha e 15 espécies ao Domínio Diaphoretiches. Os grupos mais especiosos foram Euglenida e Kinetoplastea. A diversidade relativamente reduzida de flagelados heterotróficos, quando comparada ao plâncton de lagos e reservatórios, pode estar relacionada ao fato de os fitotelmata serem habitats limitados, com condições ambientais extremas, selecionando, assim, organismos tolerantes a esses ambientes.

Abstract Many plants may accumulate rainwater, forming phytotelmata, aquatic microhabitats inhabited by various organisms. The aim of this study was to conduct an inventory of heterotrophic flagellates associated with phytotelmata of the bromeliad Aechmea distichantha Lem., found in rocky cliffs on the Upper Paraná River. The bromeliads were removed manually from the rocky wall, the water was removed and cultures of organisms of each plant were mounted in Petri dishes. Sixteen species of heterotrophic flagellate were recorded, drawn and described, among them one species belonging to the Amorpha Domain and 15 species to the Diaphoretiches Domain. The groups with most species were Euglenida and Kinetoplastea. The low diversity of heterotrophic flagellates recorded in this study, compared to the plankton of lakes and reservoirs, is probably related to the fact that phytotelmata are habitats with extreme environmental conditions, thus selecting organisms tolerant to these environments.

Abstract From measurements performed in the 700 MHz band, this paper analyzes the effect of spatial diversity on the channel capacity through the propagation of an OFDM mobile radio signal and compares with the results of a single branch providing what improvement of the capacity is attained with the SIMO system.

ABSTRACT The aim of this study was to evaluate the effect of different polydextrose concentrations for the prevention of obesity and its comorbidities in rats fed a high calorie diet. Thirty male Wistar rats were used. Rats were divided into 4 groups: Control group (HC) and 3 groups which received a hypercaloric diet with 2%, 4% and 6% polydextrose supplementation (HC2%P, HC4%P and HC6%P, respectively). The hypercaloric diet used was of the cafeteria type to induce obesity. Body weight and feed intake were verified weekly. Glucose and insulin tolerance tests were performed five days before finalizing the experiment. At the end of the experiment, animals were euthanized for blood collection, anthropometric measurements and tissue weighing. Polydextrose significantly decreased weight, body fat, blood glucose, triglycerides, glucose intolerance and insulin resistance and increased HDL cholesterol levels. The use of polydextrose reduced the complications of obesity in mice fed a hypercaloric diet. In conclusion, polydextrose may be a promising treatment for controlling obesity, diabetes type II and cardiovascular diseases.

RESUMEN El objetivo de este trabajo fue evaluar el efecto de las diferentes concentraciones de polidextrosa en la prevención de la obesidad y sus comorbilidades, en ratas alimentados con dieta hipercalórica. Se utilizaron ratas machos Wistar, repartidos en 4 grupos: Grupo control (HC) y 3 grupos que recibieron dieta hipercalórica con suplementación del 2%, 4% y 6% de polidextrosa (HC2%P, HC4%P y HC6%P respectivamente). La dieta hipercalórica utilizada fue la del tipo de cafetería para inducir la obesidad. Se midió peso corporal e ingesta de la dieta, se realizaron pruebas de tolerancia a la glucosa y a la insulina. Los animales fueron sometidos a eutanasia para toma de muestra de sangre medidas antropométricas y pesaje de órganos y tejidos. La polidextrosa disminuyó significantemente el peso, la grasa corporal, la glicemia, los triglicéridos, la intolerancia a la glucosa y la resistencia a la insulina, y aumentó los niveles del colesterol HDL. Se concluye que el consumo de poli- dextrosa redujo las complicaciones derivadas de la obesidad en ratas alimentados con dieta hipercalórica, siendo éste un potencial tratamiento para el control de la obesidad, la diabetes tipo II y las enfermedades cardiovasculares.

Abstract The current study aimed to assess whether the A122V causal polymorphism promotes alterations in the functional and structural proprieties of the CXC chemokine receptor type 1 protein (CXCR1) of cattle Bos taurus by in silico analyses. Two amino acid sequences of bovine CXCR1 was selected from database UniProtKB/Swiss-Prot: a) non-polymorphic sequence (A7KWG0) with alanine (A) at position 122, and b) polymorphic sequence harboring the A122V polymorphism, substituting alanine by valine (V) at same position. CXCR1 sequences were submitted as input to different Bioinformatics’ tools to examine the effects of this polymorphism on functional and structural stabilities, to predict eventual alterations in the 3-D structural modeling, and to estimate the quality and accuracy of the predictive models. The A122V polymorphism exerted tolerable and non-deleterious effects on the polymorphic CXCR1, and the predictive structural model for polymorphic CXCR1 revealed an alpha helix spatial structure typical of a receptor transmembrane polypeptide. Although higher variations in the distances between pairs of amino acid residues at target-positions are detected in the polymorphic CXCR1 protein, more than 97% of the amino acid residues in both models were located in favored and allowed conformational regions in Ramachandran plots. Evidences has supported that the A122V polymorphism in the CXCR1 protein is associated with increased clinical mastitis incidence in dairy cows. Thus, the findings described herein prove that the replacement of the alanine by valine amino acids provokes local conformational changes in the A122V-harboring CXCR1 protein, which could directly affect its post-translational folding mechanisms and biological functionality.

Resumo O presente estudo objetivou avaliar se o polimorfismo causal A122V promove alterações nas propriedades funcionais e estruturais da proteína receptora de quimiocina CXC do tipo 1 (CXCR1) de bovino Bos taurus por análises in silico. Duas sequências de aminoácidos da CXCR1 bovina foram selecionadas a partir do banco de dados UniProtKB/Swiss-Prot: a) sequência não-polimórfica (A7KWG0) contendo alanina (A) na posição 122, e b) sequência polimórfica carreando o polimorfismo A122V, causando a substituição de alanina por valina (V) na mesma posição. As sequências CXCR1 foram analisadas por diferentes ferramentas de Bioinformática para examinar o efeito desse polimorfismo sobre sua estabilidade, função e estrutura, predizer eventuais alterações na sua modelagem estrutural 3-D, bem como estimar a qualidade dos modelos preditos. O polimorfismo A122V exerceu efeitos toleráveis e não-deletérios sobre a CXCR1 polimórfica, apresentando um modelo estrutural de alfa-hélice típico de uma proteína receptora transmembranar para ambas as proteínas. Embora maiores variações nas distâncias entre os pares de aminoácidos nas posições-alvo tenham sido detectadas na proteína polimórfica, mais do que 97% dos aminoácidos em ambos os modelos foram situados em regiões ditas favoráveis e permitidas nos diagramas de Ramachandran. Evidências sustentam que o polimorfismo de nucleotídeo único A122V na proteína receptora CXCR1 está associado à aumentada incidência de mastite clínica em vacas leiteiras. Assim, as descobertas descritas aqui comprovam que a substituição do aminoácido alanina por valina provoca mudanças conformacionais locais na proteína CXCR1 polimórfica, que podem estar diretamente afetando seus mecanismos de enovelamento pós-traducionais e sua função biológica.

Abstract Emus are large flightless birds in the ratite group and are native to Australia. Since the mid-1980s, there has been increased interest in the captive breeding of emus for the production of leather, meat and oil. The aim of this study was to identify gastrointestinal parasites in the feces of emus Dromaius novaehollandiae from a South American scientific breeding. Fecal samples collected from 13 birds were examined by direct smears, both with and without centrifugation, as well as by the fecal flotation technique using Sheather’s sugar solution. Trophozoites, cysts and oocysts of protozoa and nematode eggs were morphologically and morphometrically evaluated. Molecular analysis using PCR assays with specific primers for the genera Entamoeba, Giardia and Cryptosporidium were performed. Trophozoites and cysts of Entamoeba spp. and Giardia spp., oocysts of Eimeria spp. and Isospora dromaii, as well as eggs belonging to the Ascaridida order were found in the feces. Three animals were diagnosed with Giardia spp., and three were positive for Entamoeba spp. based on PCR techniques. After analyzing the data, we concluded that emus were infected enzootically by nematode and protozoan species.

Resumo Emus são aves grandes que não voam pertencentes ao grupo das ratitas e são originários da Austrália. Desde meados da década de 1980, aumentou o interesse pela criação de emus em cativeiro para a produção de couro, carne e óleo. O objetivo deste estudo foi identificar parasitas gastrointestinais nas fezes de emus Dromaius novaehollandiae de um criatório científico da América do Sul. Amostras de fezes coletadas de 13 aves foram examinadas por esfregaços diretos, tanto com e sem centrifugação, quanto com a técnica de flutuação fecal utilizando solução de açúcar de Sheather. Trofozoítos, cistos e oocistos de protozoários e ovos de nematóides foram avaliados morfologicamente e morfometricamente. Foram realizadas análises moleculares utilizando ensaios de PCR com primers específicos para os gêneros Entamoeba, Giardia e Cryptosporidium. Trofozoítos e cistos de Entamoeba spp. e Giardia spp., oocistos de Eimeria spp. e Isospora dromaii, bem como ovos pertencentes à ordem Ascaridida foram encontrados nas fezes. Três animais foram diagnosticados com Giardia spp., e três foram positivos para Entamoeba spp. com base em técnicas de PCR. Depois de analisar os dados, concluímos que os emus estavam infectados enzooticamente por espécies de nematóides e protozoários.

RESUMO A complexidade de pior caso do ShellSort, um algoritmo de ordenação por comparação, depende de uma sequência de passos dada de entrada. Cada passo consiste de um inteiro representando a diferença de índices dos pares de elementos que devem ser comparados durante a ordenação de um vetor de entrada. Tal complexidade é conhecida somente para algumas sequências específicas. Neste trabalho, usamos uma relação entre ShellSort e o número de Frobenius para apresentar um novo algoritmo que provê um limite superior no número de comparações que o ShellSort perfaz, para dados vetor e sequência de passos. Aplicamos este algoritmo, em conjunto com uma análise de complexidade empírica, para estudar sequências cujas complexidades de pior caso são conhecidas através do método analítico. Mostramos que a abordagem empírica foi bem sucedida em determinar tais complexidades. Baseado nestes resultados positivos, estendemos o estudo para sequências para as quais as complexidades de pior caso estão em aberto.

ABSTRACT The worst-case time-complexity of the ShellSort, a comparison sorting algorithm, depends on a sequence of steps given as input. Each step consists of an integer representing an index offset of the pairs of elements that should be compared during the sorting of an input array. Such a complexity is known only to some specific sequences. In this work, we use a relation between the ShellSort and Frobenius number to present a new algorithm that provides an upper bound on the number of comparisons that ShellSort performs, for any given array and sequence of steps. We apply this algorithm, together with an empirical complexity analysis, to study sequences whose worst-case complexities are known through analytical method. We show that the empirical approach succeeded in determining such complexities. Based on such positive results, we extend the study to sequences for which the worst-case complexities are unknown.